东方时讯网“我的孩子为什么会得癌症?”临床医生一直渴望找到一种方法来帮助回答这个问题。医生知道霍奇金淋巴瘤有时会发生在家庭中，但为什么会发生这种情况一直是个谜。圣裘德儿童研究医院的科学家们现在已经帮助解决了这个问题。研究人员研究了受霍奇金淋巴瘤影响的多个家庭，并确定了与患病风险增加相关的遗传变异。这些发现作为第一版出现在Blood中。
霍奇金淋巴瘤是淋巴系统(免疫系统的一部分)的癌症，它会影响淋巴结，但可以扩散到脾脏、肝脏、骨髓和肺部。美国每年诊断出多达7,000例新病例。霍奇金淋巴瘤是青少年最常见的癌症类型，五年生存率为90-95%。
“我们从来没有能够告诉这些家庭任何事情，只是运气不好，因为没有人知道为什么不止一个家庭成员会患上霍奇金淋巴瘤，”共同第一和共同通讯作者JamieFlerlage，医学博士，圣裘德说肿瘤科。“我们进行这项研究是因为了解导致这些家庭癌症的原因将有助于我们更好地咨询人们将遗传风险传递给后代的机会，并帮助我们确定可能用于创造新的新靶点治疗。”
家族谱系有助于揭示变异
为了研究家庭中霍奇金淋巴瘤的发病率，研究人员创建了家谱，这是一种在追踪癌症发病率的同时揭示家族联系的图表。选择标准需要两名或两名以上患有霍奇金淋巴瘤的一级亲属，其中一名在被诊断时需要小于21岁。
科学家对36个家族的234名成员进行了全基因组测序，发现了44个变异(33个编码和11个非编码)，这些变异增加了患霍奇金淋巴瘤的风险。这些发现包括以前与疾病易感性无关的新基因变体，例如PAX5、GATA3、IRF7、EEF2KMT和POLR1E，以及已知的变体，例如KDR和KLHDC8B。
“当你试图了解为什么某些人更容易患上某种癌症时，遗传变异可能是一个重要的缺失部分，”共同通讯作者、圣路易斯大学的JunJ.Yang博士说。裘德综合癌症中心血液系统恶性肿瘤项目。“全基因组测序可以让您从主要的遗传变异体看到非编码或表观遗传变异体，这是一个强大的工具，可以帮助解释是什么让一个人患上霍奇金淋巴瘤的风险更高。”
研究结果背后的生物信息学
在St.Jude创建的强大的生物信息学管道对于通过家族谱系分析和跟踪变异至关重要。该过程包括运行算法以识别每个人的变异，然后获取谱系并通过家谱追溯变异，以确定哪些与癌症有关。超过40个注释数据库和软件为这项工作提供了动力，从而形成了一个快速、强大的管道来分析家庭数据。
“我们结合了几种现有的工具以及定制的方法来制作一个可以以有意义的方式处理来自这些家庭的数据的管道，”圣裘德应用生物信息学中心的共同第一作者JasonMyers说。“制作这条管道的工作并不特定于霍奇金淋巴瘤;该管道可用于涉及家庭的任何其他疾病，包括其他类型的癌症和神经系统疾病，如癫痫。”
家庭队列包括在St.Jude接受治疗的患者以及许多家庭，这些家庭是美国国家癌症研究所开创的家庭终生队列研究的一部分。该分析揭示了遗传变异可能使大多数家庭中的个体易患该疾病，突出了遗传易感性在了解霍奇金淋巴瘤中的重要作用。
“家族谱系和全基因组测序方法使这项研究与众不同，因为它们允许我们将基因组学工具包中的所有内容都放在这个问题上，以梳理每个家庭发生的事情，”共同通讯作者EvadnieRampersaund博士说。,圣裘德应用生物信息学中心。“我们有绝佳的机会开发一个高度全面的生物信息学管道，用于询问家庭中的编码、非编码和拷贝数变体。这个项目是一个大规模的合作，在圣裘德内部的相互联系的机会和人才上大放异彩。”